IBM szuperszámítógép segíti a rákkutatást

[Mmd] IBM szuperszámítógépet használnak a heidelbergi Német Rákkutatási Központ adatközpontjában komplex bioszámítástechnikai célokra: a nemzetközi "emberi genom projekt" keretében az emberi géntérkép felépítését és a fehérjék szerkezetét elemzik ennek segítségével. A közelmúltban bővítették a szuperszámítógépes rendszert, amely IBM szuperszámítógépekből, köztük IBM eServer p690 rendszerekből áll, összesen 96 POWER4 processzort foglal magában.

A Német Rákkutatási Központ (Deutsches Krebsforschungszentrum, DKFZ) a rák kialakulásának folyamatát vizsgálja, és a rosszindulatú folyamatokat beindító kockázati tényezőket keresi. A központban dolgozó tudósok tudományosan megalapozott új koncepciókat alakítanak ki a diagnosztika és a kezelés területén. Az IBM szuperszámítógép a DKFZ nagykapacitású adatközpontjában működik, különböző bioszámítástechnikai célokra használják.

A részben belső fejlesztésű alkalmazásokkal például az emberi géntérképet elemzik, és szimulációkkal vizsgálják, hogy a különböző gyógyszerek mennyire hatásosak a rák ellen. Az IBM rendszer immár két eServer pSeries 690 szervert foglal magában, amelyek 64 POWER 4 processzort és további IBM POWER3 processzorokat tartalmaznak. A számítógépek összteljesítménye 330 GFLOPS, ami másodpercenként 330 milliárd műveletet jelent.

A DKFZ első IBM szuperszámítógépét már 1994-ben üzembehelyezték, négy éves lízingszerződések keretében pedig folyamatosan bővítették. A DKFZ kutatói nem nélkülözhetik a számítógépes kapacitás folyamatos növelését, mert egyre komplexebb szimulációkat végeznek, amelyek még ezeken a nagy teljesítményű rendszereken is több hétig eltarthatnak.

A kutatók például a Gaussian, a TurboMol, a Molpro és az Amber nevű programot használják. Ezek többek között a molekulák szerkezetét és mozgását szimulálják. Az emberi genom és fehérjék szerkezeti elemzésének eredményeit különböző, a DNS- és fehérjeszekvenciákat tároló adatbázisokban rögzítik, illetve nemzetközi együttműködés keretében rendszeresen kicserélik más kutatóintézetekkel.